장기보유특별공제 계산 — 1세대 1주택 80%·다주택 중과 5단계 (5/10 이후 양도분)
5월 10일 다주택자 양도세 중과 재개 후 장기보유특별공제 적용 범위가 바뀌었습니다. 1세대 1주택 보유·거주 각 4% 표, 일반 2% 표, 중과 배제 사유, 기산일 산정을 실무 관점에서 정리했습니다.
개요#
양도소득세 신고서에서 가장 자주 틀리는 항목이 장기보유특별공제 칸입니다. 1세대 1주택 보유·거주 요건을 모두 충족하면 양도차익의 80%까지 공제되지만, 다주택자가 조정대상지역 주택을 양도하면 2026년 5월 10일부터 공제 자체가 배제됩니다. 80% 칸과 0% 칸이 같은 양식에 있어서 잘못 체크하면 양도차익 5억 원 기준 수천만 원의 추가 납부로 이어집니다. 백억공인중개사사무소 일산점이 일산·고양 상가·주택 양도 신고를 보조하며 자주 받는 질문을 실무 관점으로 정리했습니다. 이 글을 끝까지 읽으면 보유·거주 기간 환산 표와 중과 배제 사유 5단계 체크리스트를 받아갈 수 있습니다.
1. 장기보유특별공제는 두 개의 표로 움직입니다#
소득세법 제95조 ②항은 공제율을 **표1(일반)**과 **표2(1세대 1주택)**로 구분합니다. 표를 잘못 고르면 공제율이 절반 이하로 줄어듭니다.
| 보유·거주 기간 | 표1: 일반 (보유만) | 표2: 1세대 1주택 보유 | 표2: 1세대 1주택 거주 |
|---|---|---|---|
| 3년 이상~4년 미만 | 6% | 12% | 12%(거주 2년 이상 시) |
| 4년 이상~5년 미만 | 8% | 16% | 16% |
| 5년 이상~6년 미만 | 10% | 20% | 20% |
| 6년 이상~7년 미만 | 12% | 24% | 24% |
| 7년 이상~8년 미만 | 14% | 28% | 28% |
| 8년 이상~9년 미만 | 16% | 32% | 32% |
| 9년 이상~10년 미만 | 18% | 36% | 36% |
| 10년 이상 | 20%~ | 40% (한도) | 40% (한도) |
| 15년 이상 | 30% (한도) | — | — |
표1은 보유 기간 한 축으로만 산정해 한도가 30%이고, 표2는 보유 4%/년 + 거주 4%/년의 두 축을 합산해 한도가 80%입니다. 상가·토지는 표1만, 1세대 1주택 요건을 갖춘 주택은 표2가 적용됩니다.
2. 1세대 1주택 80% 받으려면 거주 요건이 별도로 필요합니다#
흔히 "10년 보유하면 80%"라고 알고 있지만 사실은 보유 10년·거주 10년을 모두 채워야 합니다. 거주 기간이 0이면 표2의 거주 칸은 0%로 계산되어 보유 40%만 인정됩니다.
거주 기간은 전입신고일~전출일로 산정하고, 양도일 현재 보유·거주를 동시에 충족해야 표2가 열립니다. 다만 거주 2년 미만이면 거주 칸 자체가 적용되지 않습니다. 보유 10년·거주 1년 6개월이라면 결과는 보유 40% + 거주 0% = 40%입니다.
IMPORTANT
1세대 1주택 표2 적용을 위한 거주 요건은 일반적인 비과세 거주 요건(조정대상지역 2년)과 별도입니다. 비과세는 안 되지만 표2 거주 칸은 적용되는 경우도, 그 반대의 경우도 있습니다. 양도소득세 신고 시 두 칸을 분리해 검토해야 합니다.
3. 2026년 5월 10일 이후 다주택자 장기보유특별공제 배제#
다주택자 양도소득세 중과 유예가 2026년 5월 9일자로 종료되었습니다. 5월 10일 이후 조정대상지역 주택을 양도하는 2주택자·3주택 이상자는 소득세법 제104조 ⑦에 따른 중과세율(기본세율 + 20%p~30%p)이 적용되고, 동시에 소득세법 제95조 ④에 따라 공제 자체가 배제됩니다.
즉 보유 15년 다주택자가 조정대상지역 주택을 5월 10일 이후 양도하면 표1의 30% 공제도 사라집니다. 양도차익 5억 원이라면 1.5억 원의 공제가 통째로 빠지는 구조입니다.
4. 중과 배제 사유 5단계 — 장기보유특별공제 살리는 길#
중과가 배제되면 공제도 함께 살아납니다. 소득세법 시행령 제167조의3은 다주택자 중과 배제 주택을 열거합니다. 실무에서 자주 적용되는 5단계는 다음과 같습니다.
- 장기임대주택: 「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대사업자 등록 후 의무임대기간을 충족한 주택
- 장기사원용주택: 종업원에게 10년 이상 무상 제공한 사택
- 소형 저가주택: 양도 당시 기준시가 1억 원 이하·전용 60㎡ 이하 (수도권 외 또는 별도 요건)
- 상속주택: 상속 개시일로부터 5년 이내 양도(별도 세대 상속인 한정)
- 혼인·동거봉양 합가: 합가일 기준 10년 이내 양도, 1세대 1주택 의제 적용
위 5단계 중 어디에도 해당하지 않으면 조정대상지역 주택은 중과 + 공제 배제가 됩니다. 일산동구·일산서구·고양시 일부가 조정대상지역에서 해제된 시기와 재지정 시기의 보유 기간이 함께 걸쳐 있는 경우, 양도일 기준 지정 여부로만 판단합니다.
5. 보유 기간 기산일 — 매매·상속·증여 각각 다릅니다#
장기보유특별공제 기산일은 취득 원인별로 다릅니다.
| 취득 원인 | 보유 기간 기산일 |
|---|---|
| 일반 매매 | 잔금일 또는 등기접수일 중 빠른 날 |
| 상속 | 상속 개시일(피상속인 사망일) |
| 증여 | 증여등기 접수일 |
| 배우자·직계존비속 증여 후 양도 | 이월과세 시 증여자 취득일 |
| 재건축·재개발 입주권 양도 후 신축 | 종전 주택 취득일 + 신축 후 보유 분리 |
상속의 경우 피상속인의 보유 기간을 합산하는 특례(소득세법 시행령 제154조 ⑧)는 1세대 1주택 비과세 보유 요건 판단에서만 적용되고, 장기보유특별공제 기산일은 상속 개시일입니다. 두 조항을 혼동하면 보유 기간이 5년 이상 차이가 나서 공제율이 통째로 바뀝니다.
6. 거주 기간 산정 — 전입신고·해외체류·일시퇴거#
표2의 거주 칸은 양도일까지의 누적 거주 기간을 합산합니다.
- 누적 산정: 중간에 다른 곳에 거주했더라도 다시 돌아와 거주한 기간이 더해집니다.
- 해외 체류: 「국세기본법」 시행령상 1년 이상 해외 체류는 거주 기간에서 제외(국내 거주자 판정과 별개).
- 일시 퇴거: 취학·치료·근무 등 부득이한 사유로 6개월 이내 퇴거 후 복귀하면 거주 기간이 단절되지 않습니다.
전입신고 자료(주민등록초본)와 양도일·취득일이 함께 적힌 등기부등본을 신고서 첨부 서류로 준비해야 거주 기간을 입증할 수 있습니다.
WARNING
거주 기간 입증 5대 실수
- 가족만 전입하고 본인은 다른 곳에 전입한 경우 (세대주가 거주해야 인정되는 것이 아니라 1세대 구성원 중 누구라도 거주하면 됨)
- 임대·임차 동시 신고로 거주를 인정받으려 한 경우
- 사업자등록만 있고 전입신고가 없는 경우
- 미성년 자녀만 전입한 경우 (실거주 입증 추가 필요)
- 위장전입으로 거주 가산을 노린 경우 (적발 시 가산세 + 과소신고 가산세 합산)
7. 자주 묻는 질문#
Q1. 보유 10년·거주 5년이면 공제율은 얼마인가요? A. 표2 적용 가능 시 보유 40% + 거주 20% = 60%입니다.
Q2. 2026년 5월 9일 잔금받은 다주택자 매도는 어느 표가 적용되나요? A. 5월 9일까지 양도분은 중과 유예가 적용되어 표1 보유 공제가 살아 있습니다. 5월 10일 이후 양도분부터 조정대상지역 다주택자 장기보유특별공제가 배제됩니다.
Q3. 상가는 거주 요건이 없는데 표2를 쓸 수 있나요? A. 상가·토지는 표1만 적용되며 보유 기간 한 축으로 최대 30%입니다. 표2는 1세대 1주택 요건을 갖춘 주택에만 열립니다.
Q4. 5/10 이후 매도하는 다주택자도 표1을 못 쓰나요? A. 조정대상지역 주택에 한해 배제됩니다. 비조정대상지역 주택을 양도하는 다주택자는 중과·공제 배제가 적용되지 않습니다.
Q5. 임대사업자 등록 의무기간을 채우지 못하고 양도하면요? A. 중과 배제 요건이 깨져 장기보유특별공제도 함께 배제됩니다. 의무임대기간 위반 시 과거에 받은 감면도 추징됩니다.
8. 마무리#
장기보유특별공제는 단순한 보유 기간 곱셈이 아니라 표1·표2 구분, 거주 요건, 중과 배제 사유, 기산일 산정의 네 갈래가 동시에 작동하는 복합 항목입니다. 한 줄만 잘못 골라도 양도소득세 신고서가 통째로 흔들립니다.
핵심은 다섯 가지입니다. 첫째, 표1(일반 30% 한도)과 표2(1세대 1주택 80% 한도)는 양식이 다르고 거주 칸은 표2에서만 열립니다. 둘째, 1세대 1주택 80%는 보유 10년 + 거주 10년이 모두 채워져야 하고 거주 2년 미만이면 거주 칸은 0%입니다. 셋째, 2026년 5월 10일 이후 조정대상지역 다주택자는 중과세율 + 장특공 배제가 동시에 적용됩니다. 넷째, 중과 배제 사유 5단계(장기임대·장기사원용·소형저가·상속·합가)에 해당하면 장특공이 다시 살아납니다. 다섯째, 보유 기간 기산일은 매매·상속·증여마다 다르고 상속은 1세대 1주택 비과세 요건과 장특공 기산일이 따로 움직입니다.
5월 10일을 기점으로 양도소득세 구조가 바뀐 만큼, 잔금일을 그 전후 어디에 놓을지가 세후 손익을 가릅니다. 일산·고양 상가·주택 매도 자문과 거래 일정 조율은 백억공인중개사사무소 일산점에 문의해 주세요. 블로그의 다른 양도소득세 실무 가이드도 함께 참고하시면 도움이 됩니다.
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